豬場消毒的重點在與外界接觸的環節上，如進出的人員、車輛以及大門口等。靠消毒藥來控制病原體在一個圈舍內的傳播幾乎是徒勞的。
在周圍有疫情威脅時應加強消毒，但在沒有疫情威脅的絕大部分時間里沒有必要頻繁消毒。
發酵床圈舍到底能否消毒，一直是養殖戶關心的問題。大家會自然地認為，消毒會殺滅發酵功能菌，所以發酵床圈舍不能消毒。在大部分發酵床技術資料中也都提到甚至強調發酵床墊料上不能消毒。但是，根據北京永久佳業科技有限公司的康信干撒式發酵床養豬養雞技術應用幾年的實踐結果來看，這種想法不符合實際情況。也就是說，在發酵床上，特別是在康信干撒式發酵床上，消毒完全可以做，不會影響發酵床的發酵功能。
